1991年在担任初中校长的同时，获选成为第二届“国大代表”，校长兼“国代”的身份长达4年，也开启他此后20多年的政治生涯。

　　当年的原住民不受尊重，许多人习惯称呼“山地人”、“山胞”、甚至是“番仔”，林正二担任“国代”时，政坛上只关注“本省”“外省”之争，林正二却大声疾呼要求正名，终于确立原住民的历史与地位。

　　1994年林正二当选省议员，因为乡代会秘书涉及在选举期间为其贿选，就职当天就遭检方起诉，之后被花莲高分院判决当选无效，但他随即投入补选，并且再度高票当选，创下台湾政治史上解职又补选回任首例。

　　林正二之后转战第四届“立委”仍旧高票当选，寻求第五届连任时，因为省议员的贿选官司旧案，遭国民党以“排黑条款”挡下，转披亲民党战袍，并再度以第一高票当选。

　　此后一路连任到第七届时，又因为选举期间在桃园宴请原住民头目，遭高等法院判决当选无效，第八届“立委”选举卷土重来，再度因为同起贿选案 被解除“立委”职务。

　　林正二两次涉贿，却仍不断高票当选，主因在于原住民请客行为普遍，林正二以每桌新台币6000多元，宴请16位原住民头目和副头目被认定贿选，不仅让原住民觉得受辱，县市上也是同情多于指责。

　　“不死鸟”林正二的政治生涯是否会就此告终，不仅攸关亲民党，也攸关原住民的政治版图。