1991年在擔任初中校長的同時，獲選成為第二屆“國大代表”，校長兼“國代”的身份長達4年，也開啟他此后20多年的政治生涯。

　　當年的原住民不受尊重，許多人習慣稱呼“山地人”、“山胞”、甚至是“番仔”，林正二擔任“國代”時，政壇上隻關注“本省”“外省”之爭，林正二卻大聲疾呼要求正名，終於確立原住民的歷史與地位。

　　1994年林正二當選省議員，因為鄉代會秘書涉及在選舉期間為其賄選，就職當天就遭檢方起訴，之后被花蓮高分院判決當選無效，但他隨即投入補選，並且再度高票當選，創下台灣政治史上解職又補選回任首例。

　　林正二之后轉戰第四屆“立委”仍舊高票當選，尋求第五屆連任時，因為省議員的賄選官司舊案，遭國民黨以“排黑條款”擋下，轉披親民黨戰袍，並再度以第一高票當選。

　　此后一路連任到第七屆時，又因為選舉期間在桃園宴請原住民頭目，遭高等法院判決當選無效，第八屆“立委”選舉卷土重來，再度因為同起賄選案 被解除“立委”職務。

　　林正二兩次涉賄，卻仍不斷高票當選，主因在於原住民請客行為普遍，林正二以每桌新台幣6000多元，宴請16位原住民頭目和副頭目被認定賄選，不僅讓原住民覺得受辱，縣市上也是同情多於指責。

　　“不死鳥”林正二的政治生涯是否會就此告終，不僅攸關親民黨，也攸關原住民的政治版圖。